Instituto de Microbiología y Parasitología (IMPA)

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Virulence genes of Helicobacter pylori in the Dominican Republic
(2014-09) Modesto Cruz
Aunque la incidencia de cáncer gástrico en la República Dominicana no es alta, la enfermedad sigue siendo un problema de salud significativo. Primero realizamos un análisis detallado del estado de Helicobacter pylori en la República Dominicana. En total, se reclutaron 158 pacientes (103 mujeres y 55 hombres; edad media 47,1±16,2 años). El estado de la infección por H. pylori se determinó en base a cuatro pruebas: prueba rápida de ureasa, prueba de cultivo, prueba histológica e inmunohistoquímica. El estado de los genotipos cagA y vacA en H. pylori se examinó mediante PCR y secuenciación de genes. La prevalencia global de la infección por H. pylori fue del 58,9 %. No se encontró relación entre la tasa de infección por H. pylori y el rango de edad de 17 a 91 años. Incluso en el grupo más joven (pacientes de <29 años), la tasa de infección por H. pylori fue del 62,5 %. Se encontró úlcera péptica en 23 pacientes y cáncer gástrico en un paciente. La tasa de infección por H. pylori en pacientes con úlcera péptica fue significativamente mayor que en pacientes con gastritis (82,6 versus 54,5 %, p<0,01). El genotipo cagA-positivo/vacA s1m1 fue el más prevalente (43/64, 67,2 %). En comparación con los pacientes H. pylori negativos, los pacientes H. pylori positivos mostraron gastritis más grave. Además, la presencia de cagA se relacionó con la presencia de gastritis más grave. Todas las cepas positivas tenían de tipo occidental. En conclusión, encontramos que la infección por H. pylori es un factor de riesgo para la úlcera péptica en la República Dominicana. Los pacientes con H. pylori cagA positivo podrían tener un mayor riesgo de inflamación y atrofia graves.
Primer registro de Mymartaprobanicus Ward, 1875 (Hymenoptera: Chalcidoidea: Mymaridae) para la República Dominicana
(2014-10-01) Santo Navarro
Se cita por primera vez para la República Dominicana la avispa parasítica Mymar taprobanicus Ward, 1875. Este registro se basa en un espécimen macho colectado en la Reserva Científica Loma Barbacoa, provincia Peravia.
Differences in interleukin 8 expression in Helicobacter pylori-infected gastric mucosa tissues from patients in Bhutan and the Dominican Republic
(2015-01) Modesto Cruz
Los resultados de la infección por Helicobacter pylori varían geográficamente. Las cepas de H pylori, la presentación de la enfermedad y los ambientes difieren notablemente en Bután y República Dominicana. Los objetivos fueron comparar las cepas, histología y expresión de interleucina (IL) 8 e IL-10 de la mucosa gástrica de los 2 países. El estado de H pylori se evaluó mediante la combinación de prueba rápida de ureasa, cultivo e histología. La histología se evaluó utilizando el Sistema de Sydney actualizado, y las citoquinas en biopsias gástricas se midieron mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en tiempo real. Había 138 sujetos de Bután y 155 de República Dominicana. La prevalencia de infección por H pylori fue de 65% y 59%, respectivamente. El genotipo de cagA fue predominantemente de tipo asiático oriental en Bután versus tipo occidental en República Dominicana. La gravedad de la gastritis fue significativamente mayor en los sujetos infectados por H pylori de Bután que en los de República Dominicana. La expresión de IL-8 por infección por H pylori aumentó 5,5 veces en Bután frente a 3 veces en República Dominicana (P <,001); La expresión de IL-10 fue similar. Los niveles de expresión de IL-8 entre los casos infectados por H pylori tendieron a correlacionarse positivamente con las puntuaciones de infiltración de leucocitos polimorfonucleares y monocitos en ambos países. La expresión de IL-8 entre aquellos con leucocitos polimorfonucleares de grado 2 y 3 e infiltración de monocitos fue significativamente mayor en Bután que en República Dominicana. La diferencia en la expresión de IL-8 en los 2 países se refleja en los diferentes patrones de enfermedad entre ellos. No está claro si el factor dominante son las diferencias en la virulencia de H pylori, en las interacciones huésped-H pylori-ambientales, los factores genéticos o todo. Sin embargo, la gravedad de la inflamación parece ser un factor crítico en la patogénesis de la enfermedad. Comparamos los niveles de ARN mensajero de IL-8 entre el país de alto riesgo de cáncer gástrico, Bután (principalmente el tipo H pylori de Asia oriental), y el país de menor riesgo de cáncer gástrico, República Dominicana (principalmente H pylori de tipo occidental).
Toll-like Receptor 10 in Helicobacter pylori Infection
(2015-05-14) Modesto Cruz
Innate immunity plays important roles in the primary defense against pathogens, and epidemiological studies have suggested a role for Toll-like receptor 1 (TLR1) in Helicobacter pylori susceptibility. Microarray analysis of gastric biopsy specimens from H. pylori–positive and uninfected subjects showed that TLR10 messenger RNA (mRNA) levels were upregulated approximately 15-fold in infected subjects; these findings were confirmed by real-time quantitative polymerase chain reaction analysis. Immunohistochemical investigation showed increased TLR10 expression in the gastric epithelial cells of infected individuals. When H. pylori was cocultured with NCI-N87 gastric cells, both TLR10 and TLR2 mRNA levels were upregulated. We compared the ability of TLR combinations to mediate nuclear factor-κB (NF-κB) activation. Compared with other TLR2 subfamily heterodimers, the TLR2/TLR10 heterodimer mediated the greatest NF-κB activation following exposure to heat-killed H. pylori or H. pylori lipopolysaccharide. We conclude that TLR10 is a functional receptor involved in the innate immune response to H. pylori infection and that the TLR2/TLR10 heterodimer functions in H. pylori lipopolysaccharide recognition.
Five Alternative Helicobacter Pylori antibiotics to counter high levofloxacin and metronidazole resistance in the Dominican Republic.
(2019) Modesto Cruz
The prevalence of Helicobacter pylori resistance to levofloxacin and metronidazole was high in the Dominican Republic. We used two-fold agar dilution method to determine the minimum inhibitory concentration of five alternative antibiotics in 63 Dominican strains. We also assessed the genetic mutations associated with the antibiotic resistance using next-generation sequencing. We revealed that all 63 strains were sensitive towards sitafloxacin, furazolidone, and rifabutin. In contrast, the prevalence of rifaximin and garenoxacin resistance were high (82.5% and 34.9%, respectively). Patients more than or equal to 60 years old had the highest risk of double-antibiotic resistance (7/9, 77.8%, OR = 31.5, P = 0.009) and garenoxacin resistances (8/9, 88.9%, OR = 45.33, P = 0.002) with an increasing risk simultaneously by age (P = 0.004, r = 0.357). Almost all rifaximin resistant strains possessed multiple mutations with more than three mutations within rpoB including the most frequent novel mutations of S352L, I2726L, and V2465A. There was a significant association between vacA genotype and rifaximin resistance (P = 0.042). Among 23 levofloxacin-resistant strains, 82.6% (19/23, P <0.001) were also resistant to garenoxacin, and 39.1% (9/23) had a high minimal inhibitory concentration ≥8 μg/mL with positive trend correlation (P = <0.001, r = 0.84). Among 19 garenoxacin resistant strains, 16 (84.2%) contained mutations at D91 and N87 of gyrA. In conclusion, sitafloxacin, rifabutin, and furazolidone might be considered as alternative antibiotics to be included in H. pylori eradication regimen in regions with high prevalence of levofloxacin and metronidazole resistance, such as the Dominican Republic.
Estructura poblacional del pez endémico Limiazonata (Cyprinodontiformes: Poeciliinae) en el Río maimón, provincia Monseñor Nouel, República Dominicana
(2019-01-23) Arlen Marmolejo
Se estudió la estructura de la población de Limia zonata (Nichols, 1915) en cuatro localidades del río Maimón, provincia Monseñor Nouel, República Dominicana. Se calculó la proporción sexual y de adultos-juveniles para todas las localidades muestreadas. Se encontró que la proporción sexual de L. zonata es significativamente diferente de 1:1 y está sesgada hacia las hembras (1.0: 1.6). Los peces juveniles fueron más abundantes y frecuentes que los adultos (69.3%). Se midieron y pesaron más de 800 peces para analizar la frecuencia de clases de tallas, morfometría y condición corporal de la especie. Se distinguieron diez clases de tallas que variaron sus frecuencias en función del sexo. La longitud total de los ejemplares medidos estuvo dentro del rango 6.50-65.69 mm, mientras que el peso total varió entre 0.004 y 3.941 g. La morfología varió entre sexos y se encontró un marcado dimorfismo sexual. Todas las variables morfométricas estudiadas presentaron un alto nivel de asociación (r). El ajuste de los modelos de regresión (r2) de las relaciones morfométricas estuvo entre 85 a 99%. La relación longitud estándar-peso total mostró variación significativa entre los sexos, sugiriendo distintos ritmos de crecimiento. El Factor de Condición Relativo (Kn) demostró el buen estado de salud de la población de peces, pero se detectaron variaciones entre los sexos.
Development of Loop-Mediated Isothermal Amplification Assay for paid detection of Dengue Virus in aedesaegypti (Diptera:Cuclicidae) Larvae from Cuba.
(2019-07-22) Modesto Cruz
Dengue fever is an arthropod-borne disease of great importance worldwide due to the number of cases, epidemics and geographical extent of its vectors. Aedes aegypti (Linnaeus) mosquito is its main vector and its chemical control is the only viable alternative to stop dengue outbreaks since there is not an effective dengue vaccine. Even though surveillance systems allow a rapid detection of dengue cases; sometimes it is not enough to prevent outbreaks due to asymptomatic cases that cannot be detected. Nine pools of field-caught Ae. aegypti larvae were collected in Havana, Cuba. They were analyzed by reverse transcription–polymerase chain reaction (RTPCR) and loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) assays to detect dengue virus. From them4 out of nine were positive by RT-PCR and 9 were positive by RTLAMP with and without RNA extraction step, respectively. RT-LAMP assay, with and without RNA extraction step, was able to detect more positive samples than RT-PCR standing out as a powerful tool to dengue surveillance in mosquito populations for early prediction of outbreaks
Comparative study between Helicobacter pylori and host human genetics in the Dominican Republic
(2019-11-01) Modesto Cruz
Helicobacter pylori, a bacterium that infects the human stomach, has high genetic diversity. Because its evolution is parallel to human, H. pylori is used as a tool to trace human migration. However, there are few studies about the relationship between phylogeography of H. pylori and its host human.
(Proyecto) Aislamiento, Caracterización e Identificación de Microorganismos Halófilos de las Salinas de Puerto Hermoso y Salinas de Monte Cristi, República Dominicana
(2020) Svetlana Afanasieva
Aislamiento, Caracterización e Identificación de Microorganismos Halófilos de las Salinas de Puerto Hermoso y Salinas de Monte Cristi, República Dominicana
Paradoja de la identidad nacional
(2020-10-23) César Augusto Zapata
El tema de la identidad nacional dominicana ha sido siempre una asunto paradojal. La paradoja nos permite un ángulo de visión para estudiar la contradicción entre la herencia étnica del dominicano y su autoimagen, por un lado; y, por el otro, y la tendencia políticamente correcta de asumir una negritud contra un blanco imaginario. El proceso de hibridación en la historia dominicana hizo emerger un grupo étnicamente propio que no se corresponde con la negritud estudiada en Martinica, por ejemplo, o más próximo en Haití. La mulatidad implica una mirada a la emergencia étnica en mitad de dos metafísica: la blanquidad y la negritud. Emergencia paradójica de una identidad en permanente construcción.
(Proyecto) A Unique Transdisciplinary Approach of One Health to the Detection and Risk of Cysticercosis/Taeniasis in Southwestern Dominican Republic. (Un enfoque transdisciplinario único de One Health para la detección y el riesgo de cisticercosis).
(2023) José Pimentel
La cisticercosis zoonosis causada por la tenia del cerdo, Taenia solium, tiene un profundo impacto en la seguridad alimentaria y la seguridad alimentaria, la salud humana y los medios de vida y la producción ganadera. El objetivo del proyecto propuesto es asegurar la base de pruebas sobre la presencia y el impacto de T. solium cisticercosis / teniasis, así como identificar estrategias de intervención adecuadas y sostenibles para combatir la enfermedad en una región endémica de República Dominicana a través de un enfoque transdisciplinario Una Salud. Una coalición multidisciplinario de investigadores de las ciencias médicas, veterinarias, agrícolas y socioeconómicos humanos abordará cuatro principales obstáculos para la comprensión y la lucha contra la cisticercosis: (1) la caracterización de la epidemiología y los costos sociales de la cisticercosis porcina y humana cisticercosis / teniasis; (2) Estimación de los riesgos de salud asociados con la gestión de cerdo, la comercialización y el cerdo de inspección y control prácticas; (3) La evaluación de las percepciones, actitudes y prácticas en relación con la cisticercosis en humanos y cerdos; y (4) Generar conciencia sobre los riesgos de infección de T. solium entre las partes interesadas pertinentes a nivel local, regional y comunitario. Parasitológico, inmunológico y las técnicas moleculares serán transferidos a República Dominicana para permitir la detección de la infección en los seres humanos y cerdos. A través de estas actividades de investigación, el proyecto fortalecerá la capacidad nacional para la detección de infecciones de T. solium y preparar las bases necesarias para, programas regionales y nacionales de prevención y control de vigilancia de la Cisticercosis / teniasis por dar a conocer la magnitud del problema, incluyendo su impacto económico y opciones de control adecuadas y eficaces entre una red de actores clave
(Proyecto) Mycobacterium tuberculosis Genetic Diversity in Dominican Republic and its impact in the clinical outcome.
(2023) Carlos Edwin Rodriguez Cuevas
Tuberculosis (TB) is a major global health concern, killing around 1.5 million individuals yearly. One of the most striking features of TB is the wide spectrum of disease outcomes, which has been primarily attributed to the life-style, immune system and genetic variability of the human host. Growing evidences suggest that the genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis may also have important clinical consequences. Six lineages of M. tuberculosis have been described based on large chromosomic deletions and shown to associate with specific populations or geographic localizations. Moreover, the heterogenecity found in M. tuberculosis strains, accounts for distinct immune responses, but the impact of this variability in clinics are not fully understood. Therefore, additional studies linking M. tuberculosis genotypes to specific immune responses and clinical outcomes are required and critical to investigate the complex genetic interplay between the human host / M. tuberculosis. In collaboration with… M. tuberculosis positive samples will be collected along with patient clinical data. Genetic variability of M. tuberculosis isolates will be determined using molecular biology approaches to determine the different genetic lineages present. The determine pathogen phylogenetic diversity along with the patient’s data will be then combined to unravel possible associations of specific M. tuberculosis phylogenies with clinical manifestations of TB. We believe that this project is unique and critical to investigate the complex genetic interplay between the human host/ M. tuberculosis. Furthermore, in future we aim at expanding this study and abroad, through a collaborative network set up to study molecular epidemiology in the context of TB.
(Proyecto) The role of bacterial virulence and genetic polymorphisms on gastroduodenal disease in the Dominican Republic.
(2023) Jose A. Jimenez
Helicobacter pylori es una bacteria gram- negativa en forma de espiral, establece la colonización crónica en el estómago humano, es patógeno causante de diversas enfermedades gastroduodenales, incluyendo gastritis, enfermedad de úlcera péptica (PUD), cáncer gástrico y linfoma del tejido linfoide asociado a la mucosa. Más de 50% de la población mundial porta H. pylori en el tracto gastrointestinal superior y más del 80% de los individuos infectados son asintomáticos. La infección es más frecuente en los países en desarrollo que en regiones desarrolladas. La vía de transmisión es desconocida, aunque los individuos típicamente se infectan durante la infancia. La tasa de incidencia estandarizada por edad de cáncer gástrico en la República Dominicana informa, 7,3 / 1000.000 por año (http://globocan.iarc.fr/). Aunque la prevalencia de la infección por H. pylori en la República Dominicana aún no ha sido investigada a fondo. Un estudio previo reportó que la seroprevalencia ajustada por edad de la infección por H. pylori en el país era de 62,1%. Este hallazgo sugiere que la baja virulencia de H. pylori en la República Dominicana ha contribuido a la baja incidencia de cáncer gástrico. Nuestro estudio confirma la tasa de infección de H. pylori en la República Dominicana usando múltiples pruebas, incluyendo la prueba rápida de ureasa, prueba de cultivo, prueba histológica e inmunohistoquímica. Se determinó la prevalencia de carga ser el 75,0% en la República Dominicana, similar a los países vecinos. Existen factores genéticos del huésped no estudiados todavía. Otros estudios, incluyendo factores bacterianos y genética de polimorfismos son de necesaria investigación en la población dominicana
(Proyecto) Zika virus: factors influencing vector competence in Dominican Republic.
(2023) Modesto Cruz
Zika virus (ZIKV) infection is a vector-borne disease belonging to the genus Flavivirus with recent emergence and spread around the world. It was determined to be a "Public Health Emergency of International Interest" because to the potential association between infection and neurological disorders such as Guillain-Barre syndrome. Nowadays it is still a global threat spreading across 31 countries in Central America, South America, and the Caribbean. In Dominican Republic autochthonous transmission of Zika virus has been confirmed in 31 of the 32 provinces, with reports of high transmission rate. However, little information is available about the molecular epidemiology and vector competences of ZIKV in Dominican Republic. Our research team with members from Dominican Republic and Canada plan to test a variety of wild-caught mosquitoes for ZIKV and to conduct vector competence studies on those species that test positive for the virus and we will implement a coordinated mosquito surveillance and arbovirus testing programme study. This approach is necessary since some researchers have suggested that not only Aedes aegypti, and Ae. albopictus but also Culex quinquefasciatus might be an important vector related to ZIKV transmission. There is very little published information on vector competence studies for ZIKV and the data that are publically available are not convincing that Ae. aegypti is a good vector. In order to reinforce and explain the different theories already mentioned, we consider the proposition of this study.
(Proyecto) Caracterización Taxonómica de Tardígrados de República Dominicana. Primera parte: Tardígrados que habitan en Parques Nacionales.
(2023) Efrain Tejeda
Este proyecto consiste en la recolecta y clasificación taxonómica de tardígrados que habitan en dentro de parques nacionales (Ébano Verde, Armando Bermúdez, Parque de La Biodiversidad, la Humeadora, Los Cacaos de San Cristóbal, Los Haitises Loma Isabel de Torres, Valle Nuevo). La caracterización de los tardígrados se realizará sobre la base de sus características morfológicas (estructura de la cutícula, la armadura del cuerpo, estructuras sensoriales, aparato bucal, ornamentación de los huevos` y estructura de las garras). Esta investigación tiene como objetivo colectar e identificar especies de tardígrados que aún no han sido reportadas en nuestro país y /o verificar la existencia de especies que fueron reportadas anteriormente por otros investigadores.
(Proyecto) Waterborne Pathogens of one health significance in the Dominican Republic
(2023) Modestina Alcantara
Waterborne Pathogens of one health significance in the Dominican Republic
The Helicobacter pylori Genome Projects: insights into H. pylori population structure from analysis of a worldwide collection of complete genomes
(2023-12-11) Modesto Cruz
Helicobacter pylori, a dominant member of the gastric microbiota, shares co-evolutionary history with humans. This has led to the development of genetically distinct H. pylori subpopulations associated with the geographic origin of the host and with differential gastric disease risk. Here, we provide insights into H. pylori population structure as a part of the Helicobacter pylori Genome Project (HpGP), a multi-disciplinary initiative aimed at elucidating H. pylori pathogenesis and identifying new therapeutic targets. We collected 1011 well-characterized clinical strains from 50 countries and generated high-quality genome sequences. We analysed core genome diversity and population structure of the HpGP dataset and 255 worldwide reference genomes to outline the ancestral contribution to Eurasian, African, and American populations. We found evidence of substantial contribution of population hpNorthAsia and subpopulation hspUral in Northern European H. pylori. The genomes of H. pylori isolated from northern and southern Indigenous Americans differed in that bacteria isolated in northern Indigenous communities were more similar to North Asian H. pylori while the southern had higher relatedness to hpEastAsia. Notably, we also found a highly clonal yet geographically dispersed North American subpopulation, which is negative for the cag pathogenicity island, and present in 7% of sequenced US genomes. We expect the HpGP dataset and the corresponding strains to become a major asset for H. pylori genomics.
Gone content, phage cycle regulation model and prophage inactivation disclosed by prophage genomics in the Helicobacter pylori Genome Project
(2024-08-12) Modesto Cruz
Prophages can have major clinical implications through their ability to change pathogenic bacterial traits. There is limited understanding of the prophage role in ecological, evolutionary, adaptive processes and pathogenicity of Helicobacter pylori, a widespread bacterium causally associated with gastric cancer. Inferring the exact prophage genomic location and completeness requires complete genomes. The international Helicobacter pylori Genome Project (HpGP) dataset comprises 1011 H. pylori complete clinical genomes enriched with epigenetic data. We thoroughly evaluated the H. pylori prophage genomic content in the HpGP dataset. We investigated population evolutionary dynamics through phylogenetic and pangenome analyses. Additionally, we identified genome rearrangements and assessed the impact of prophage presence on bacterial gene disruption and methylome. We found that 29.5% (298) of the HpGP genomes contain prophages, of which only 32.2% (96) were complete, minimizing the burden of prophage carriage. The prevalence of H. pylori prophage sequences was variable by geography and ancestry, but not by disease status of the human host. Prophage insertion occasionally results in gene disruption that can change the global bacterial epigenome. Gene function prediction allowed the development of the first model for lysogenic-lytic cycle regulation in H. pylori. We have disclosed new prophage inactivation mechanisms that appear to occur by genome rearrangement, merger with other mobile elements, and pseudogene accumulation. Our analysis provides a comprehensive framework for H. pylori prophage biological and genomics, offering insights into lysogeny regulation and bacterial adaptation to prophages.
An ancient ecospecies of Helicobacter pylori
(2024-10-16) Modesto Cruz
Helicobacter pylori disturbs the stomach lining during long-term colonization of its human host, with sequelae including ulcers and gastric cancer1,2. Numerous H. pylori virulence factors have been identified, showing extensive geographic variation1. Here we identify a ‘Hardy’ ecospecies of H. pylori that shares the ancestry of ‘Ubiquitous’ H. pylori from the same region in most of the genome but has nearly fixed single-nucleotide polymorphism differences in 100 genes, many of which encode outer membrane proteins and host interaction factors. Most Hardy strains have a second urease, which uses iron as a cofactor rather than nickel3, and two additional copies of the vacuolating cytotoxin VacA. Hardy strains currently have a limited distribution, including in Indigenous populations in Siberia and the Americas and in lineages that have jumped from humans to other mammals. Analysis of polymorphism data implies that Hardy and Ubiquitous coexisted in the stomachs of modern humans since before we left Africa and that both were dispersed around the world by our migrations. Our results also show that highly distinct adaptive strategies can arise and be maintained stably within bacterial populations, even in the presence of continuous genetic exchange between strains.
(Proyecto) Determinación de la resistencia a insecticidas y sus mecanismos en vectores trasmisores de arbovirosis en República Dominicana.
(2026) Modesto Cruz; Juan Andrés Bisser Lazacano; Carlos Peña
Las arbovirosis como dengue (DENV), Zika (ZIKV)I y Chikungunya (CHIKV) adquieren cada vez mayor importancia a nivel mundial debido al incremento de la ocurrencia de epidemias y extensión geográfica de sus vectores. El mosquito Aedes aegypti (L, 1762) es el principal vector de estas arbovirosis y el control químico es la única alternativa viable para detener los brotes epidémicos ya que no existen vacunas preventivas efectivas para combatir estas enfermedades. El uso de insecticidas químicos es una herramienta clave para el control del vector. Sin embargo, la aparición de la resistencia a los insecticidas en las poblaciones de Ae. aegypti se ha convertido en un problema global. Este fenómeno ha generado una crisis en los Programas de Control de Vectores porque las estrategias de control no están siendo efectivas. La transmisión de dengue y otras arbovirosis en República Dominicana constituye uno de los problemas de salud más importantes del país. Por lo tanto, en este estudio es crucial evaluar los niveles de susceptibilidad y mecanismos de resistencia a los insecticidas en las poblaciones de Ae. aegypti de varias regiones del país, para diseñar estrategias de control más efectivas contra las epidemias de dengue, Zika y chikungunya. La vigilancia entomo-virológica de DENV, ZIKV y CHIKV en el vector es una herramienta sumamente importante que se realizará en esta investigación para identificar y focalizar las zonas de riesgo permitiendo a los programas realizar acciones de control antes que se produzca un brote de estas arbovirosis.

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